BOSC 2008 schedule

Schedule (Day 1)

Friday, July18
9:00-9:15	Kam Dahlquist (Chair BOSC 2008) Jason Stajich (President O|B|F)	[welcome] Open Bioinformatics Foundation Update
9:15-10:15	Julian Lombardi	[keynote] Croquet: An Open Collaboration Architecture for Scientific Visualization and Simulation
10:15-10:45	Coffee Break
10:45-11:05	Hervé Ménager	[cyberinfrastructure] Mobyle: a New Full Web Bioinformatics Framework
11:05-11:30<o:p></o:p>	Richard Smith<o:p></o:p>	[cyberinfrastructure] Intermine – Open Source Data Warehouse and Query Interface<o:p></o:p>
11:30-12:05<o:p></o:p>	Paul Gordon<o:p></o:p>	[cyberinfrastructure] Bridging Existing Bioinformatics Tools and Data into Semantic Web Services<o:p></o:p>
12:05-12:25<o:p></o:p>	Peter Rice<o:p></o:p>	[cyberinfrastructure] Soaplab2: More Reliable Sesame Door to Bioinformatics Programs<o:p></o:p>
12:30-1:30<o:p></o:p>	Lunch<o:p></o:p> <o:p> </o:p>
1:30-1:50<o:p></o:p>	Barry Sanders & David Arcoleo<o:p></o:p>	[cyberinfrastructure] BeeSpace:  An Interactive System for Functional Analysis<o:p></o:p>
1:50-2:10<o:p></o:p>	Andrew Jenkinson<o:p></o:p> <o:p> </o:p>	[cyberinfrastructure] BioDas Project Update<o:p></o:p>
2:10-2:30<o:p></o:p>	Kazuharu Arakawa<o:p></o:p>	[visualization] E-Cell 3D: 3-Dimensional Visualization of Dynamic Cell Simulation<o:p></o:p>
2:30-2:50<o:p></o:p>	Peter Rice<o:p></o:p>	[bio*update] EMBOSS: European Molecular Biology Open Software Suite<o:p></o:p>
2:50-3:10<o:p></o:p>	Michael Heuer<o:p></o:p> <o:p> </o:p>	[bio*update] BioJava Project Update<o:p></o:p>
3:10-3:15<o:p></o:p>	Justin Wilson<o:p></o:p>	[lightning talk] Use the Make Utility for the Maintenance of Complex Bioinformatics Pipelines<o:p></o:p>
3:15-3:30<o:p></o:p>	Additional Lightning Talks/Demos/Birds of a Feather<o:p></o:p> See <http://www.open-bio.org/wiki/BOSC_2008_schedule> for updated listings<o:p></o:p>
3:30-4:00<o:p></o:p>	Coffee Break<o:p></o:p> <o:p> </o:p>
4:00-5:30<o:p></o:p>	Lightning Talks/Demos/BOFs<o:p></o:p> <o:p> </o:p>

<o:p> </o:p>

2. Schedule (Day 2)<o:p></o:p>

<o:p> </o:p>

Saturday, July 19<o:p></o:p> <o:p> </o:p>
9:00-9:05<o:p></o:p>	Kam Dahlquist<o:p></o:p> <o:p> </o:p>	Announcements<o:p></o:p>
9:05-9:30<o:p></o:p>	Mark Wilkinson<o:p></o:p>	[workflows] Interoperability with BioMoby – Past, Present, and Future<o:p></o:p>
9:30-9:55<o:p></o:p>	Joshua Orvis<o:p></o:p>	[workflows] Ergatis: A Web-based Bioinformatics Pipeline Management and Collaborative Development System<o:p></o:p>
9:55-10:15<o:p></o:p>	Aleksi Kallio<o:p></o:p>	[workflows] Chipster – User Friendly DNA Microarray Analysis Software<o:p></o:p>
10:15-10:45<o:p></o:p>	Coffee Break<o:p></o:p> <o:p> </o:p>
10:45-11:10<o:p></o:p>	Jiten Bhagat<o:p></o:p>	[workflows] myExperiment: Social Software for Sharing Workflows<o:p></o:p>
11:10-11:30<o:p></o:p>	Todd Smith<o:p></o:p>	[workflows] BioHDF: Open Binary File Formats for Large Scale Data Management<o:p></o:p>
11:30-11:50<o:p></o:p>	Aaron Kitzmiller<o:p></o:p>	[open source software] The Open HeliSphereTM Project: True Open Source from the Inventors of True Single Molecule Sequencing<o:p></o:p>
11:50-12:10<o:p></o:p>	Ed Lee<o:p></o:p>	[open source software] Apollo: a Sequence Annotation Editor (with demonstration to follow)<o:p></o:p>
12:30-1:30<o:p></o:p>	Lunch<o:p></o:p> <o:p> </o:p>
1:30-1:50<o:p></o:p>	Hilmar Lapp<o:p></o:p>	[bio*update] BioSQL Reloaded: 1.0 Release, PhyloDB Module, and Future Features<o:p></o:p>
1:50-2:10<o:p></o:p>	Syed Haider<o:p></o:p> <o:p> </o:p>	[bio*update] EMBRACE – BioMart Developments and Future<o:p></o:p>
2:10-2:30<o:p></o:p>	Tiago Antão <o:p></o:p> <o:p> </o:p>	[bio*update] Biopython Project Update<o:p></o:p>
2:30-3:30<o:p></o:p>	Lightning Talks/Demos/BOFs<o:p></o:p> See <http://www.open-bio.org/wiki/BOSC_2008_schedule> for updated listings<o:p></o:p>
3:30-4:00<o:p></o:p>	Coffee Break<o:p></o:p> <o:p> </o:p>
4:00-5:30<o:p></o:p>	Lightning Talks/Demos/BOFs<o:p></o:p> <o:p> </o:p>